รากเหง้าการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ในรวันดา ย้อนกลับไปตั้งแต่ปี 1990 เมื่อประธานาธิบดี Juvénal Habyarimana ซึ่งเป็นชาวฮูตู (Hutu) กลุ่มชาติพันธุ์หลักของประเทศ ได้เริ่มปลุกกระแสต่อต้านชนกลุ่มน้อยชาวทุตซี (Tutsi) ซึ่งมีจำนวนเพียงร้อยละ 10 ของประชากรชาวรวันดาทั้งหมด สงครามกลางเมืองระหว่างรัฐบาลฮูตู และแนวร่วมรักประเทศชาติรวันดา (The Rwanda Patriotic Front: RPF) ได้อุบัติขึ้น
ในเดือนตุลาคม ปี 1990 เกิดเหตุสังหารหมู่ชาวทุตซีนับร้อยคนขึ้นหลายครั้ง แม้ว่ากลุ่มชาติพันธุ์ทั้งสองจะมีความคล้ายคลึงกันในหลายแง่มุม ทั้งการใช้ภาษาเดียวกัน รวมถึงมีวัฒนธรรมประเพณีเดียวกันมาตลอดหลายร้อยปี รัฐบาลและกองทัพรวันดาเริ่มรวบรวมทหารอาสา Interahamwe ติดอาวุธคือปืนและมีดขนาดใหญ่ให้ เพื่อเตรียมพร้อมสำหรับการกำจัดชาวทุตซี
ในวันที่ 6 เมษายน 1994 เครื่องบินของประธานาธิบดีถูกยิงตก ทั้งเขาและเหล่าที่ปรึกษาตายคาที่ เชื่อกันว่าผู้ก่อเหตุคือกลุ่มอนุรักษ์นิยมฮูตูที่เชื่อว่าประธานาธิบดีกำลังจะลงนามในข้อตกลงสันติภาพ Arusha อย่างไรก็ตาม กองกำลังฮูตูกลับกล่าวหาว่าเป็นฝีมือของ RPF หน่วยทหารรักชาติชาวทุตซี ซึ่งขณะนั้นมีที่มั่นอยู่นอกประเทศ
ไม่ว่าจะเพราะอะไร กลุ่มหัวรุนแรงฮูตูที่นำโดยพันเอก Bagosora ก็ได้เริ่มปฏิบัติการสังหารโหดชาวทุตซี หลังเหตุการณ์เครื่องบินตกผ่านไปไม่กี่ชั่วโมง
นรกที่แท้จริงเริ่มต้นในวันถัดมา เมื่อเจ้าหน้าที่รักษาความสงบชาวเบลเยียมถูกสังหารทั้งหมด 10 นาย นำไปสู่การถอนกองกำลังขององค์การสหประชาชาติออกจากรวันดา และภายในไม่กี่วันหลังจากนั้น สถานีวิทยุในรวันดาออกอากาศเรียกร้องให้ชาวฮูตูฆ่าชาวทุตซีที่อยู่ในประเทศให้หมด โดยกองทัพและกองกำลังตำรวจแห่งชาติเป็นผู้สั่งการปฏิบัติการฆ่าล้างเผ่าพันธ์ุนี้ และหากการโน้มน้าวไม่เป็นผล ทางการถึงกับขู่เข็ญให้พลเมืองชาวฮูตูปฏิบัติตาม
ประชาชนผู้บริสุทธิ์หลายพันคนถูกฟันเสียชีวิตด้วยมีดขนาดใหญ่โดยเพื่อนบ้านของเขาเอง แต่ทั้งๆ ที่เป็นการก่ออาชญากรรมขั้นร้ายแรง ประชาคมนานาชาติ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสหรัฐอเมริกากลับวางเฉย
ในที่สุดแล้ว RPF กลายเป็นฝ่ายชนะและเข้าควบคุมสถานการณ์ไว้ได้ในเดือนกรกฎาคมปีเดียวกัน อีกทั้งยังขับไล่กองกำลังฮูตูออกจากรวันดา
ในเวลาเพียงไม่ถึง 3 เดือน ชาวทุตซีถูกสังหารไปราว 8 แสนคน คิดเป็น 75% ของชาวทุตซีที่อาศัยในรวันดา ถือเป็นการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ครั้งรุนแรงที่สุดหลังสงครามโลกครั้งที่ 2 เป็นต้นมา
