เช้ามืดวันที่ 28 เมษายน 2547 กลุ่มบุคคลประมาณ 15-18 คน นั่งรวมกลุ่มหน้ามัสยิดกรือเซะ ก่อนเปลี่ยนเครื่องแต่งกายเป็นสีดำและกางเกงลายพราง แล้วมุ่งหน้าไปยังจุดตรวจกรือเซะ ต่อสู้และทำร้ายร่างกายเจ้าหน้าที่ที่ปฏิบัติงานอยู่ เสียชีวิต 1 นาย บาดเจ็บอีก 2 นาย ผู้ก่อเหตุเสียชีวิต 1 ราย บาดเจ็บสาหัสอีก 3 ราย (ต่อมาเสียชีวิต) หลังจากนั้นผู้ก่อเหตุที่เหลือหลบหนีไปยังมัสยิดกรือเซะ ประกาศผ่านเครื่องเสียงของมัสยิดให้ชาวบ้านออกมาร่วมกันต่อสู้
จากนั้นเจ้าหน้าที่เริ่มปิดล้อมกดดัน มีการยิงโต้ตอบเป็นระยะเวลาหลายชั่วโมง ขณะที่ประชาชนเริ่มทยอยมามุงดูโดยรอบมัสยิด ฝ่ายผู้ก่อเหตุพยายามใช้ M79 ยิงออกมาจากในมัสยิดกรือเซะหลายนัด ส่วนเจ้าหน้าที่ใช้อาวุธทั้งระเบิดสังหาร แก๊สน้ำตา และการเจรจา เพื่อให้ยุติเหตุการณ์
ในที่สุดเวลาประมาณ 14.00 น. เจ้าหน้าที่ตัดสินใจจู่โจมเพื่อยุติเหตุการณ์ โดยใช้เวลาราว 1 ชั่วโมงในการระงับเหตุการณ์และควบคุมพื้นที่ รวมผู้ก่อเหตุเสียชีวิตทั้งหมด 32 รายจากเหตุการณ์นี้
หลังเกิดเหตุมีการวิพากษ์วิจารณ์หลากหลายมุมมอง นำมาซึ่งการตั้งคณะกรรมการอิสระไต่สวนข้อเท็จจริงกรณีเหตุการณ์มัสยิดกรือเซะ ประกอบด้วยบุคคลหลากหลายฝ่าย กระทั่งมีบทสรุปและรายงานเผยแพร่ออกมาเมื่อวันที่ 26 กรกฎาคม 2547
