หลังประเทศไทยเผชิญกับการแพร่ระบาดของโควิด-19 และมีการประกาศสถานการณ์ฉุกเฉินในทุกเขตท้องที่ทั่วราชอาณาจักรตั้งแต่วันที่ 26 มีนาคม 2563 และต่อมาได้ขยายระยะเวลาต่อเนื่องจนถึงวันที่ 31 พฤษภาคม 2564 โดยขอความร่วมมือให้ประชาชนงดหรือชะลอการเดินทางในช่วงเวลาที่ไม่จำเป็น เพื่อลดการแพร่ระบาดของเชื้อดังกล่าว
ส่งผลให้ผู้โดยสารของเรือด่วนเจ้าพระยาลดต่ำสุดในรอบ 50 ปี โดยเฉพาะช่วงสุดสัปดาห์ จำนวนผู้โดยสารลดลงถึง 90 เปอร์เซ็นต์ ซึ่งในแง่ของธุรกิจ ทางบริษัทไม่สามารถแบกรับภาระดำเนินการทุกวันได้ และบริษัทจำเป็นต้องงดเดินเรือในช่วงวันหยุด เริ่มตั้งแต่วันที่ 8 พฤษภาคมที่ผ่านมา
ทำให้วันนี้ (15 พฤษภาคม) บรรยากาศการสัญจรทางน้ำที่แม่น้ำเจ้าพระยาเงียบเหงา มีเพียงเรือข้าฟากของโรงแรม คอนโดที่พัก และศูนย์การค้าริมน้ำ ที่ยังคงเปิดให้บริการ
ขณะที่การกลับมาให้บริการเรือด่วนในวันหยุดเสาร์-อาทิตย์ และนักขัตฤกษ์ บริษัทเปิดเผยว่าจะกลับมาให้บริการเดินเรือตามปกติโดยเร็วที่สุด
